証拠金取引で、レバレッジを掛けたデータで現在も保有中のものは収支計算に反映されないのでしょうか。

証拠金取引では、決済したタイミングで損益が発生しますので、現在も保有中の証拠金取引のデータは明細に反映されません。

現在も保有中のもので、手数料のみ明細に反映させたい場合は、お手数ですが、現物取引の方に手動で手数料明細を作成して下さい。